application/: このディレクトリは、アプリケーションを含みます。 構成や利用されるサービス、及びブートストラップ・ファイルと同様に、 MVCシステムを収納します。

data/: このディレクトリは、 揮発性でおそらく一時的なアプリケーションのデータを格納するための場所を提供します。 このディレクトリのデータの障害は、アプリケーションが失敗する原因になるかもしれません。 また、このディレクトリの情報は、サブバージョン・リポジトリに関与するかもしれませんし、 関与しないかもしれません。 このディレクトリの物体の例は、 セッション・ファイル、キャッシュ・ファイル、sqlite データベース、 そしてログとインデックスです。

docs/: このディレクトリは、生成されたか、または直接編集された ドキュメンテーションを含みます。

library/: このディレクトリは、アプリケーションが依存する共通ライブラリのため、 PHP include_path 上になければなりません。 開発者は、 PHP のマニュアル（ゼンド自体によって確立されるそれらだけでなく）の ユーザレベルでの命名の 手引き に沿って、一意の名前空間内のこのディレクトリ配下に それらのアプリケーション・ライブラリーのコードを置かなければなりません。 このディレクトリは、 Zend Framework 自体も含むかもしれません。 もしそうなら、それを library/Zend/ にしまうでしょう。

public/: このディレクトリは、アプリケーションのためにすべての公開ファイルを含みます。 index.php は Zend_Application をセットアップして、実行します。 そして、それは順番に application/Bootstrap.php ファイルを実行します。 結果としてフロント・コントローラをディスパッチすることになります。 ウェブサーバのウェブ・ルートは、このディレクトリに一般的にセットされます。

scripts/: このディレクトリは、メンテナンスやビルド・スクリプトを含みます。 このようなスクリプトは、コマンド・ライン、クロン、 または実行時には実行されず、アプリケーションの correct 機能の一部である phing ビルドされたスクリプトを含むかもしれません。

temp/: temp/ フォルダは、一時的なアプリケーションデータのためにとっておかれます。 この情報は一般的に、アプリケーション svn リポジトリには入れられません。 temp/ ディレクトリ配下のデータが削除されると、 データがもう一度リストアされるか、再キャッシュされるまで、 アプリケーションは、パフォーマンスが低下した状態で動作し続ける可能性があります。

tests/: このディレクトリは、アプリケーションのテストを含みます。 これらは手書きや、PHPUnit テスト、Selenium-RC ベースのテスト、 またはその他の何かのテスト・フレームワークに基づきます。 既定では、ライブラリーのコードは library/ ディレクトリのディレクトリ構造をまねることによりテストできます。 さらに、アプリケーションのための機能テストは、 application/ ディレクトリの構造 （アプリケーション・サブディレクトリを含む）をまねて書けました。