モジュールのためのディレクトリ構造は、推奨されたプロジェクト構造の中の application/ ディレクトリのそれを模倣しなければなりません。

<modulename>
    configs/
        application.ini
    controllers/
        helpers/
    forms/
    layouts/
        filters/
        helpers/
        scripts/
    models/
    services/
    views/
        filters/
        helpers/
        scripts/
    Bootstrap.php

これらのディレクトリの目的は、推奨されたプロジェクト・ディレクトリ構造に関してと全く同じままです。