Existem dois métodos que salvam as mudanças feitas em documentos PDF: os métodos Zend_Pdf::save() e Zend_Pdf::render().

Zend_Pdf::save($filename, $updateOnly = false) salva o documento PDF em um arquivo. Se $updateOnly for TRUE, então apenas o novo segmento do arquivo PDF será acrescentado ao arquivo. De outra forma, o arquivo é sobrescrito.

Zend_Pdf::render($newSegmentOnly = false) retorna o documento PDF como uma string. Se $newSegmentOnly for TRUE, então apenas o novo segmento do arquivo PDF será retornado.

...
// Carrega o documento PDF
$pdf = Zend_Pdf::load($fileName);
...
// Atualiza o documento PDF
$pdf->save($fileName, true);
// Salva o documento como um novo arquivo
$pdf->save($newFileName);

// Retorna o documento PDF como uma string
$pdfString = $pdf->render();

...