Die Verzeichnisstruktur für Module sollte jener des application/ Verzeichnisses in der vorgeschlagenen Projektstruktur entsprechen:

<modulename>/
    configs/
        application.ini
    controllers/
        helpers/
    forms/
    layouts/
        filters/
        helpers/
        scripts/
    models/
    services/
    views/
        filters/
        helpers/
        scripts/
    Bootstrap.php

Der Zweck dieses Verzeichnisse bleibt exakt der gleiche wie der für die vorgeschlagene Verzeichnisstruktur des Projekts.